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L’elevata diversità floristica con numerose presenze di specie endemiche e rare è favorita dal clima e dall’ambiente. Nell’area della Riserva circostante il lago di San Domenico si distinguono diverse tipologie di vegetazione. La vegetazione varia dalla flora tipica delle aree ripariali vicine gli specchi d’acqua ai boschi, dalla vegetazione delle rupi e dei pendii scoscesi ai prati e pascoli aridi.
L’area ripariale del lago presenta pochi esemplari di Salice, arbusti di Leccio predisposti tra le fessure della roccia e in prevalenza da rimboschimenti artificiali di Pino nero collocati in passato per scopi protettivi.
Lungo la zona fluviale si trovano nuclei di Salice bianco, Salice rosso, Pioppo bianco e Pioppo tremolo, mentre nei versanti scoscesi e maggiormente assolati, si trovano il Nocciolo, diverse specie di Aceri, il Carpino Nero ed in particolare l’Orniello.
Il sottobosco è formato da Biancospino, Caprifoglio, Corniolo, Pungitopo e piante da frutto quali Ciliegio selvatico e Pero selvatico. Fiore all’occhiello della Riserva è sicuramente la vegetazione che s’impianta lungo le rupi che circondano l’area del Lago di San Domenico e che si ritrovano lungo tutte le gole del Sagittario. Si segnala la presenza del Fiordaliso del Sagittario e dell’Efedra nebrodense